In un impianto di tipo chimico fisico, una delle attività indispensabili è la neutralizzazione del pH. Questa fase, nonostante sia la più semplice, rimane una delle più importanti di tutto il processo di trattamento delle acque reflue.
La neutralizzazione delle acque, o correzione del pH, viene effettuata prima della attività di flocculazione. Solitamente avviene con reagenti acidi o reagenti alcalini. Per neutralizzare le acque in un impianto chimico fisico si possono utilizzare più reagenti. Ad esempio, è possibile utilizzare soda caustica o latte di calce, acido solforico o acido cloridrico.